Вот, может кому-то пригодиться. Скачиваем модуль с оф.сайта яндекс кассы. И в YandexMoneyHook,
core/components/yandexmoney/model/yandexmoney.class.php и /assets/components/yandexmoney/connector_result.php подключаем пакет shopkeeper3 и выбор заказа по id.
В общем меняем строки для shk2 на shk3.
$modx->addPackage('shopkeeper', $modx->getOption('core_path').'components/shopkeeper/model/');
$order = $modx->getObject('SHKorder', $order_id)
на
$modx->addPackage('shopkeeper3', $modx->getOption('core_path').'components/shopkeeper3/model/');
$order = $modx->getObject('shk_order', $order_id);
Так же, если не меняли стандартные статусы заказа, то в модули их исчисление начинается с 0, в shk3 с 1. Надо учесть это при обновлении статуса при оплате. (я тупо в БД в таблице с параметрами сниппета YandexMoney поменял нумерацию)