Смотря как Вы на сео ориентируетесь. Вариант: сделать один основной каталог, а левое меню в качестве фильтра по категориям (тегам) с помощью того же тагменеджера.

То есть как-то указать "Каталог" в контексте 1 и "Каталог" в контексте 2. В будущем будут поддомены городов на контекстах.

http://e-store.modx-shopkeeper.ru/katalog/dopolneniya-dlya-modx/elektronnyie-tovaryi-i-onlajn-oplata.html

modx 3 будет поддерживать?

На демо сайте баг с "показать еще". Если открыть список товаров и обновить страницу, то отобразит только номер текущей страницы (например ?page=3), а кнопка "показать еще" уже не активна и текст на ней неверный

А нет, инициализация на странице есть и pdopage js тоже

<script type="text/javascript">pdoPage.initialize({"wrapper":"#pdopage","rows":".marks_wrap","pagination":"#pdopage .pagination","link":"#pdopage .pagination a","more":"#pdopage .btn-more","moreTpl":"<div class=\"see_more btn-more\">\u041f\u043e\u043a\u0430\u0437\u0430\u0442\u044c \u0435\u0449\u0435<\/div>","mode":"button","history":0,"pageVarKey":"page","pageLimit":"4","assetsUrl":"\/assets\/components\/pdotools\/","connectorUrl":"\/assets\/components\/pdotools\/connector.php","pageId":7,"hash":"aa338f333d80711d0536fd7946e9f18fd0fcceda","scrollTop":true});</script>

<div id="pdopage">
    <div id="nav_wrap">
        [[!+page.nav]]
    </div>
    <div class="row marks_wrap" id="products">
        [[!tmCatalog]]
    </div>
</div>

pages_cont1: '#nav_wrap',//Селектор контейнера с постраничной навигацией

Результат не изменился, не работает.
Плюс, после перехода по страницам при помощи pjax и заходе на страницу с фильтром, то и кнопки "еще" и товаров нет. Но фильтры передают параметры.
Может надо как-то инициализировать pdoPage? Для tagmanagera я делал так

$(document).on('ready pjax:end', function(event) {
	tmFilters.init();
});

Ошибка была, если в наборе параметра поставить "ajaxMode"="default". Если поставить "button", то ошибки нет. Но при фильтрации товары исчезают. До фильтрации загрузка кнопкой работает.

Сделал так

pages_cont1: '#pdopage .pagination',//Селектор контейнера с постраничной навигацией
pages_cont2: '',//Селектор второго контейнера с постраничной навигацией. Если нет, оставить пустым.

jQuery на странице вызывается только 1 раз (v3.3.1). Подключается еще pjax.
Ничего не изменилось, ошибка осталась.

config: {
        filters_cont: '#filters',//Селектор оберточного элемента блоков с фильтрами
        sortby: 'pagetitle',//Имя поля сортировки по умолчанию
        sortdir: 'asc',//Направление сортировки по умолчанию
        numeric: ['price', 'weight'],//Имена доп. полей с числовыми значениями
        multitags: ['tags'],//Имена доп. полей с множественными значениями
        guard_key: '#',//Разделитель для множественных значений
        products_cont: '#products',//Селектор контейнера с выводом товаров
        filter_slider: 'div.range-slider',//Селектор слайдеров (ползунок для числовых значений)
        filter_slider_cont: 'div.filter_slider',//Селектор контейнера со слайдером
        pages_cont1: '#pages',//Селектор контейнера с постраничной навигацией
        pages_cont2: '#pages2',//Селектор второго контейнера с постраничной навигацией. Если нет, оставить пустым.
        active_page_selector: '.current',//селектор номера текущей страницы внутри контейнера (pages_cont)
        filters_type: 'default',//Тип фильтрации. Возможные значения:
            // default (показ числа товаров по каждому фильтру и блокирование пустых вариантов),
            // only_block (только блокирование пустых париантов),
            // none (не показывать цифры и не блокировать)
        filter_delay: 700,//Задержка до отправления запроса на сервер (сбрасывается после каждой отметки фильтра)
        price_field: 'price',//Название поля или TV цены товара
        multi_currency: true,//Мультивалютность включить / выключить (true/false)
        base_url: '/',
        ajax_url: 'assets/components/tag_manager2/connector_fe.php',
        ajax_loader: 'assets/components/tag_manager2/img/ajaxtm.svg'
    }

еще в консоли ошибка при попытке фильтрации

Uncaught TypeError: Cannot read property 'state' of undefined
    at pdopage.min.js:1
    at dispatch (jquery.min.js:2)
    at y.handle (jquery.min.js:2)
    at Object.trigger (jquery.min.js:2)
    at jquery.min.js:2
    at Function.each (jquery.min.js:2)
    at w.fn.init.each (jquery.min.js:2)
    at w.fn.init.trigger (jquery.min.js:2)
    at Object.trigger (jquery.history.js:1)
    at Function.h.pushState (jquery.history.js:1)