Решил, может понадобиться кому.

Добавляем атрибут data-step тегу input.shk-count, указываем количество в упаковке, добавляем яваскрипт запрет редактирования количества в ручную

<input class="shk-count" data-step="1000" > <script> $( function(){ $('input.shk-count').keydown(function(e){ e.preventDefault() }); }) </script>

Правим assets/components/shopkeeper3/web/js/shopkeeper.js

buttons.each( function( ii ){ $(this) .click( function(){ var cnt = parseInt( el.val() ); if( ii == 0 && cnt > 1 ) el.val( cnt - 1 ); if( ii == 1 ) el.val( cnt + 1 ); if ( typeof callback == 'function' ) { callback( $(this) ); } } ); } ); на buttons.each( function( ii ){ $(this) .click( function(){ var cnt = parseInt( el.val() ); var step = parseInt( el.attr('data-step') ); var rez; if( ii == 0 ) rez = cnt - step ; if( ii == 1 ) rez = cnt + step ; if( rez <= step ) rez = step ; el.val( rez ); if ( typeof callback == 'function' ) { callback( $(this) ); } } ); } );