Я выполнил эту задачу. Для тех, кому это актуально выкладываю свою реализацию.
Пришлось лезть в ядро плагина магазина "/core/components/shopkeeper3/model/shopkeeper.class.php".

Для реализации добавки налогов пришлось в вышеуказанном файле добавить свой код.

В методе getCartContent после строки инициализации переменной $chunkArr добавляем код: $this->modx->setPlaceholders(array( 'tax_total' => $this->numberFormat( (float)self::$price_total * 1.20 ), 'tax' => '20', ));

Вставлял цифру налога напрямую, вы же можете реализовать через настройки или как-либо.

Также мне нужно было сделать скидку при заказе от 10 штук.
Для этого в методе getProductsList влияю на массив $purchase. Добавить следующий код после инициализации массива $purchase: if( $purchase['count'] > 9 ) $purchase['price'] *= 0.75;

Также в методе getTotal влияем на $new_price. Добавляем следующий код после строки формирования значения $new_price:

$new_price = 0; foreach ($_SESSION['shk_order'] as $key => $val) { $new_price += $val['count'] >= 10 ? $val['count'] * $val['price'] * 0.75 : $val['count'] * $val['price']; } // end foreach

Все эти манипуляции дают возможность заложить в заказ "правильную" цену товара и общую стоимость. Конечно, если в последствии в админке поправить ручками заказ - то скидки слетят, и менеджеру надо будет их ручками добавить. Но зато изначально получаем правильный заказ.